Гипотеза инвагинации

Согласно этой гипотезе, некоторые органеллы эукариотической клетки образовались в результате инвагинации (впячивание в цитоплазму) наружной клеточной мембраны. Гипотеза инвагинации объясняет происхождение эукариотической клетки из одной, а не из многих клеток. Данная гипотеза легко объясняет возникновение хлоропластов, митохондрий и парных ядерных мембран.

Согласно другой гипотезе, эукариотические клетки образовались за счет скопления отдельных элементов генома. В основе этой гипотезы лежит предположение о некоем прародительском прокариотическом организме, многочисленные геномы которого разделились на отдельные пузырьки и образовавшиеся участки специализировались на выполнении определенных функций. Предположение о полигеномности близко к действительности, что подтверждается сходством пластических процессов в ядре и цитоплазме.

Таким образом, историческое развитие клетки обусловило образование сложного генома.